Hallo Robert,
es gibt in InDesign zwei Orte, wo man die Aktivierreihenfolge einstellen kann. Den einen hast du bereits gefunden. Der zweite ist das Artikelbedienfeld. Hier ist es wichtig, dass du aus dem Bedienfeldmenü > Für Leserichtung in PDF mit Tags verwenden, auswählst.
Ich würde jetzt erstmal einen Test machen, ob das dein Problem löst. Falls ja, müsstest du entweder händisch alles neu anlegen oder man müsste überlegen, ob ein kostenpflichtiges Skript dein Problem automatisch angehen könnte.
als Antwort auf: [#576144]