Wenn ihr eh schon verkompliziert, würde ich gerne auf das eigentliche Problem zurückkommen:
Woher stammt die Alternativdarstellung in den PDFs und EPSen?
Obwohl in der Illustrator Datei die Sonderfarbe auf einer RGB Definition von 0/153/255 beruht, landet in den PDFs und Epsen eine 2. Farbdefinition von .36/.65/.99
(Ich hab inzwischen auch gefunden, wo die herkommt. Das Blatt besteht aus 2 Pfaden, einer ist mit der definierten Farbe
R=0 G=153 B=255 #0099FF
versehen, der 2., nahezu unsichtbare in der rechten unteren Ecke, mit einer undefinierten Farbe, die wenn man sie abspeichert zu
R=94 G=167 B=252
wird, das entspricht dem in PDF und EPS gefundenen
.368627 .654902 .988235
Hier der besseren Lesbarkeit halber aus dem EPS:
alles RGB definiert.
In der AI Datei ist sRGB als Referenz hinterlegt, somit auch in den daraus entstandenen PDF und EPS Dateien.
Im fertigen Anschaungs-PDF siehts, wahrscheinlich aus den PDF Exportoptionen in indd heraus kommend, dann etwas anders aus:
Hier soll als Alternativfarbraum des CMYK Ausgabe-Profils herhalten:
Langer Rede kurzer Sinn: Obwohl da an mehreren Stellen an der Farbdefinition der Sonderfarbe herumgebastelt wird, ist es letztendlich erstaunlich stimmig:
0/153/255
wandelt sich von sRGB nach Adobes 'Coated FOGRA39' per relativ Farbmetrischem RI zu
73/35/0/0
Von daher gibts, obwohl mehrere Farbquellen in dem Anschaungs-PDF vorkommen, bei passender Parametrierung der Ausgabevorschau auf 'Coated FOGRA39' eine einheitliche, aber eben auf CMYK reduzierte Darstellung aller Blätter.
Nimmt man in der Ausgabevorschau dagegen ein RGB Profil als Simulationsziel, dann wandeln sich alle RGB definierten Blätter zu der jeweiligen Entsprechung von 0/153/255, allei die als Sonderfarbe definiertne Blätter greifen auf die im PDF hinterlegte Ersatzdarstellung
von 73/35/0/0 zurück.
Und beheben lässt sich das ganze einfach, indem man die Ur-Illustration aufräumt (2. Pfad umfärbt oder komplett tilgt) und der Blattfarbe den Spotfarbenstatus raubt, dann kommt auch keine Sonderfarb-Alternativdarstellung zum Zuge.