Illustrator mag nicht gerne auf Netzwerke oder in manche synchronisierten Ordner speichern. Das ist aber auch abhängig von der Mondphase.
Das "kompatible Acrobat-Format" speichert 2 Dateien in einer und alleine diese Tatsache kann zu Irritiationen führen.
https://youtu.be/IpDh8Y7q8yE Darüber hinaus kann die Einstellung "Speichern über langsame Netzwerke optimieren" und "Speichern im Hintergrund" den Speichervorgang negativ beeinflussen.
Ist es denn besser, wenn Du Dateien lokal (nicht in synchronisierte Ordner) speicherst?