Hallo edde,
nö. Illustrator kann's auch nicht. Der kann's nur scheinbar:
Illustrator packt seinen eigenen Code huckepack zum EPS dazu, sodass in Illustrator beim Öffnen einer EPS-Datei aus Illustrator nur der Illustrator-Code mit den Ebenen benutzt wird.
Wenn Du Dir mal den Code einer EPS-Datei aus Illustrator in einem Texteditor anschaust, dann kannst Du sehen, dass im Abschnitt:
der Illustrator-Code versteckt sein muss.
Entfernst Du den nämlich und schickst beide EPS-Dateien durch den Acrobat-Distiller, die nicht-editierte und die editierte Version, kommt exakt das gleiche PDF als Ergebnis heraus. Von Ebenen ist da keine Spur. Die stecken im oben erwähnten Abschnitt, im Privaten.