Sie können das AutoBookmark-Plugin von Evermap verwenden, um die Links aus den PDF-Dateien als Text zu exportieren und diese Links dann wieder in die PDF-Dateien für den InDesign-Laufkopf und die Seitenzahlen zu importieren.
Allerdings darf InDesign nicht verwendet werden, um den Speicherort oder die Größe der PDF-Dateien zu ändern. Natürlich muss auch das Seitenlayout einheitlich sein.