Hallo M.Hulot,
InDesign zieht immer alle Formatierungen ins Inhaltsverzeichnis, Zeichenformate + Manuelles. Nur nicht das Absatzformat, dass weist Du ja in der Inhaltsverzeichnisfunktion zu.
Die Punkt "Ich habe ein automatisches Inhaltsverzeichnis erstellt, das eine andere Schriftart" kannst Du also mit einem eigenen Absatzformat lösen, dass Du über die Inhaltsverzeichnisfunktion zuweist.
Damit die Zeichenformat nicht mitkommen, setze ich bei den Überschriften auf Verschaltelte Formate oder GREP. Damit werden Formatierungen automatisch angewendet, jedoch nicht ins Inhaltsverzeichnis übernommen.
Im Inhaltsverzeichnis selbst mache ich das selbe.
In Deinem Fall ginge, wenn Deine Nummerierung lautet "Ziffer PUNKT", bei beiden Absatzformaten der GREP-Stil:
^\d+\.
[inline GREP-HeadNummer.png]
Bei anderer Nummerierung müsste man variieren.