Zumindest einen Workaround bietet pdfToolbox 4: mit der Korrektur "TrueType-Schriften nach CID umwandeln" wird aus der einfachen TrueType-Schrift (die für PDF/X-4 unerlaubt mehr als cmap-Encoding enthält) eine CID-kodierte TrueType-Schrift (die auch für PDF/X-4 zwei oder mehr cmaps enthalten darf, weil ein eindeutiges Encoding auf anderem Wege sichergestellt ist).
Für den Moment müsste man sich also diese Korrektur zu den vorhandenen PDF/X-4-Konvertierungsprofilen hinzufügen.
Ich gehe dvon aus, dass in einer künftigen Version von pdfToolbox 4 auch eine direktere Korrektur möglich sein wird, weiss aber noch nicht, wann.