Danke noch an die Empfehlung von Karsten Lange - hat mir sehr weitergeholfen.
Ich habe nun FontExplorer 2007 9.0 RC1 im Einsatz - sehr einfach und effizient. MainType ist mit ein paar Abstrichen punkte Font-Prüfung relativ ident - etwas andere Oberfläche. Die Benutzeroberfläche ist aber bei beiden ok.
FontAgent Pro ist eher aus der Mac-Schiene, sehr gut aber auch der teuerste Manager mit $ 99,-.
Linotype FontExplorer X für Win ist noch im Beta und noch nicht zu empfehlen - es gibt doch einige Fehler durch die Systemschriftenverwaltung.
Suitcase kann ich nicht empfehlen - macht in InDesign CS3 nur Probleme durch das ewige nachladen der Fonts.
Meine Entscheidung ist nun FontExplorer 2007. Es gibt auch ein Beta-Tool zum Nachladen der benötigten Schriften in InDesign CS3, was ich aber nicht getestet habe.
Soweit mein Stand.
Ich hoffe, ich konnte allen Suchenden weiterhelfen.