Zeichenformate in Fuß- und Endnoten sollten nun übernommen werden.
Ein Tipp noch: Vor dem Speichern als Word-XML-Dokument die Option »Rechtschreibung/Grammatik während der Eingabe« deaktivieren (vereinfacht die XML-Struktur des Dokuments). »Alle Änderungen annehmen« – sofern vorhanden – schadet auch nicht, vor allem wenn Hyperlinks im Text vorhanden sind.
Ich vergleiche den Inhalt nach dem Import in InDesign meist nochmal als reinen Text mit Words »Dokumente vergleichen ...«.