Habe eben feststellen dürfen, dass IDs Rechtschreibprüfung auch in ausgeblendeten Ebenen prüft. Kann ich das abstellen?

Ja: durch Setzen des Textattributs "[Keine Sprache]" auf die Texte der entsprechenden Ebene.. Das führt zwar zu Umbruchveränderungen, wird sich aber meist wieder korrigieren lassen: sofern in den betroffenen Texten ein und dieselbe Sprache arbeitet (Suche nach [Keine Sprache], Ersetzen durch Sprache XY).
Wenn mehrere Sprachen auf die Texte angewandt wurden, könnte man sie mit einem eineindeutigen, leicht rückgängig zu machenden Temporär-Attribut kennzeichnen.