Moin,
die gleichen Erfahrungen habe ich auch gemacht. Beim Sichern aus PDF nach DOC/RTF (meistens aus Adobe Acrobat) gehen auch die Sinnzusammenhänge (Tabellen, Marginalien etc.) verloren. Das scheint bisher in den Versionen des Acrobaten auch nicht besser geworden zu sein.
Ich helfe mir fast ausschließlich mit einem (sehr) guten OCR-Programm, in dem ich die einzelnen Textblöcke der Originalseite auch nachträglich noch einmal "neu ordnen" kann. Ich will keine Diskussion über das "beste" OCR-Programm auslösen; bei mir kommt Abbyy Finereader 10 auf Windows-Systemen zum Einsatz.
Zwischenzeitlich habe ich auch PDF2DOC oder PDF2ID (
http://www.recosoft.com/products/pdf2id/) gefunden, aber damit noch keine Erfahrugnen gesammelt.