Lieber Lukas,
danke für Dein Interesse.
Hier kann ich Dir schon mal den Unicode nachliefern: 0xFFFD (so wird's in der Info-Palette dargestellt).
Ich werde Dein Angebot annehmen und Dir zwei Ausschnitte aus meinen Word-Dateien zukommen lassen:
1. ein paar Absätze aus der Original-Datei (x1.doc)
2. ein paar Absätze aus der von mir bearbeiteten Datei (x2.doc).
Beim Import von x2.doc werden die Fußnotenverweise 2-5 im Text durch das erwähnte Quadrat ersetzt. Der Fußnotentext von Fußnote 2 taucht dann unter dem Verweis von Fußnote 6 auf. Fußnotentext von Fußnote 3 unter dem Verweis von Fußnote 7 (also um jeweils 4 Fußnoten verschoben). Das geht so weiter bis Fußnote 44. Dort fehlen 4 Fußnoten, so daß Fußnote 45 wieder in Ordnung (richtige Zuweisung) ist.
Mir ist jede Fährte recht, denn ich weiß nicht mehr, wo ich nach der Ursache suchen muß.
Bin mal gespannt, ob Du den Fehler bei Dir wiederholen kannst und ob Du einer möglichen Ursache näher kommst.
Übrigens plage ich mich mit dem Problem schon längere Zeit herum (nicht immer, aber immer wieder):
http://www.hilfdirselbst.ch/..._P188164.html#188164 Ein Test in InDesign CS1 ergab: Die Endnotenziffern im Text und in den Endnoten wurden korrekt durchnumeriert, alles in der richtigen Reihenfolge und nichts ist verschwunden.